An improved method for characterization of the mutation associated to porcine stress syndrome by PCR amplification followed by restriction analysis

Luerce, Tessália Diniz, Galli, Vanessa, Cerqueira, Gustavo Maia, Simionatto, Simone, and Dellagostin, Odir Antônio (2009) An improved method for characterization of the mutation associated to porcine stress syndrome by PCR amplification followed by restriction analysis. Ciencia Rural, 39 (5). pp. 1577-1580.

[img]
Preview
PDF (Published Version) - Published Version
Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial.

Download (172kB) | Preview
View at Publisher Website: http://dx.doi.org/10.1590/S0103-84782009...
 
51


Abstract

A mutation in the gene coding for the ryanodine receptor 1 (RYR1), also known as halothane (hal) gene or swine stress gene, is associated to the porcine stress syndrome (PSS). Detection of the mutation is normally accomplished by PCR amplification of an 81bp fragment of the hal gene, followed by digestion with the HhaI restriction endonuclease. Wild-type allele (N) is cut in two fragments, whereas the mutant allele (n) is not digested by the restriction enzyme. Electrophoresis of the digested DNA on agarose gel and ethidium bromide staining allows the reading of the result. The correct interpretation is difficult due to the small size of the DNA fragments. In this study we designed a new set of primers for amplification of a 144bp fragment that facilitates the reading of the result. In addition, we optimized the PCR reaction to allow amplification from a single hair bulb, added directly into the PCR mix without previous treatment. This improved method was used to genotype 165 sows and boars used in a breeding program. Forty-nine percent of the animals had the NN genotype, whereas 50% were Nn and only 1% was nn.

Item ID: 37432
Item Type: Article (Research - C1)
ISSN: 1678-4596
Additional Information:

Title (Portuguese): Um método melhorado para caracterização da mutação associada à síndrome do estresse suíno por amplificação por PCR seguido de análise de restrição

Abstract: (Portuguese): Uma mutação no gene que codifica o receptor ryanodine 1 (RYR1), também conhecido como gene do halotano (hal) ou gene do estresse suíno, está associada à Síndrome do Estresse Suíno (PSS). A mutação é geralmente detectada por PCR, a partir da amplificação de um fragmento de 81pb do gene hal, seguida por digestão com a endonuclease de restrição HhaI. O alelo normal (N) é cortado em dois fragmentos, enquanto que o alelo mutado (n) não é digerido pela enzima de restrição. A eletroforese do DNA digerido em gel de agarose corado com brometo de etídio permite a leitura do resultado. A interpretação correta é difícil devido ao pequeno tamanho dos fragmentos. Neste estudo, foi projetado um novo par de iniciadores para a amplificação de um fragmento de 144pb, o que facilita a leitura do resultado. Adicionalmente, foi otimizada a reação de PCR para permitir a amplificação a partir de um único bulbo capilar, acrescentado diretamente na mistura de PCR, sem tratamento prévio. Esse método foi usado para genotipar 165 reprodutores utilizados em granjas produtoras de matrizes. Quarenta e nove porcento dos animais apresentaram genótipo NN, 50% Nn e apenas 1% nn.

All the contents of this site www.scielo.br, except where otherwise noted, is licensed under a Creative Commons Attribution NonCommercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/). (Statement taken from metadata page of publisher, not present on PDF).

Date Deposited: 19 Mar 2015 04:02
FoR Codes: 06 BIOLOGICAL SCIENCES > 0604 Genetics > 060408 Genomics @ 100%
SEO Codes: 83 ANIMAL PRODUCTION AND ANIMAL PRIMARY PRODUCTS > 8303 Livestock Raising > 830308 Pigs @ 100%
Downloads: Total: 51
Last 12 Months: 11
More Statistics

Actions (Repository Staff Only)

Item Control Page Item Control Page